El Órgano Interno de Control (OIC) es un departamento administrativo dotado de autonomía técnica y de gestión que tiene como objeto prevenir, detectar y combatir los actos cometidos por los servidores públicos y/o particulares vinculados al Instituto Estatal Electoral de Baja California, contrarios a los principios de respeto a la dignidad de las personas, disciplina, legalidad, objetividad, profesionalismo, honradez, lealtad, imparcialidad, integridad, rendición de cuentas, eficacia y eficiencia que rigen el servicio público.
En el ejercicio de sus funciones el Órgano Interno de Control contará con el Sistema Integral de Denuncias (SIDOIC), el cual, está creado para registrar, administrar, atender e investigar denuncias que cualquier persona formule en la esfera de competencia de la Ley de Responsabilidades Administrativas del Estado de Baja California.
El SIDOIC es el único medio de almacenamiento, custodia, reproducción, verificación, administración y transmisión de la información que derive de estas denuncias bajo la responsabilidad de la Autoridad Investigadora del Órgano Interno de Control.
Las normativas que dan origen a este sistema son: